Dalam rangka peningkatan pelayanan data dan informasi khususnya di bidang cuaca dan iklim, maka BMKG membangun Stasiun Klimatologi Yogyakarta, yang merupakan salah satu Unit Pelaksana Teknis (UPT) dimana pembangunannya dimulai pada tahun 2014.

Stasiun Klimatologi Yogyakarta berdiri di atas lahan seluas 8866 m², terbagi menjadi 4 bagian utama yakni gedung operasional dan tata usaha seluas 200 m² yang terdiri dua lantai, gedung radar dengan luas 64 m² terdiri dari 4 lantai, taman alat seluas 2400 m², dan kebun percobaan dengan luas 3600 m². Stasiun Klimatologi Yogyakarta terletak di Jalan Kabupaten Km 5.5, Duwet, Sendangadi, Mlati, Sleman, Daerah Istimewa Yogyakarta.

Stasiun Klimatologi Yogyakarta yang awalnya masih merupakan Pos Pengamatan Klimatologi dibawah Stasiun Geofisika Klas I Yogyakarta, sudah beroperasi sejak pertengahan bulan April 2015. Stasiun Klimatologi Yogyakarta diresmikan oleh Mantan Wakil Gubernur Daerah Istimewa Yogyakarta, Kanjeng Gusti Pangeran Adipati Aryo (KGPAA) Paku Alam IX, Bendoro Raden Mas Haryo (Alm) pada tanggal 21 Oktober 2015. Terhitung Mulai Tanggal 29 November 2016, Stasiun Klimatologi Yogyakarta telah resmi ditetapkan dalam PERKA BMKG No.9 Tahun 2016 untuk menjadi stasiun tersendiri dengan nama Stasiun Klimatologi Kelas IV Mlati, Yogyakarta.